第一天上午，看师兄做了一个简单的细胞种板实验，讲真并不难，只是需要比较精细的操作，让一个没有学历的人来培训，不用多久就可以训练出来，但为什么会让研究生做相同的事情，就在于他们能够以更高维度的视角来观察各种现象，不仅知其然还需要知其所以然，即为什么会做这个实验而不是那个，我做这个实验是想说明一个怎么样的观点，我们如何组织这些观点串联成为一个说得过去的逻辑，最终形成一篇怎么样的ory。当然这还需要我们慢慢摸索。我们现在还是需要脚踏实地地做好各种实验的准备，如细胞培养，如试剂配制等等。要想飞翔，还需老老实实地练习扑翅。-
下午，在研究生休息室复习一篇之前看过的文献ikk-interactulate2。这种文献一般来说有着比较好的逻辑链，虽然对我来说没有积累其实很痛苦，因为有很多前置条件是略，但我就纠结于这条逻辑链的具体构建，很多不言自明的东西我还不懂啊，那些引用的文献提供的背景知识也完全是一头雾水。但这种痛苦是我必须承受的，谁叫我喜欢做哲学层次的思考呢？如果不落实到现实，我可能会疯。当然，在这个过程中，我也开始疯了。-实验发现ikk抑制---aor-and-rictor也被抑制，可能是ikk与-rictor相互作用，从而与2的表达。发现新的与orc2活性，如通过磷酸化akt-at-t2装配来影响细胞骨架。ikk与rictor结合紧密，ikk-抑制---2活性降低。-就目前来看，对一个基因/蛋白的表达施加激活/抑制处理来观察与其相关的基因蛋白的表达是比较基本的实验处理。当然还需要不同层次的观察，如蛋白表达、组织切片、体内处理乃至动物实验。有能够观测的指标变化对实验的指导意义真是很大。-当然，按照我一贯的尿性，我在想“ikk-抑制---2活性降低”这个过程是不是可以一条序列来表示，然后我再收集其他的关系序列，如“ikk激活—xx蛋白表达水平下降—yy活性降低”，可以构建一定的树形结构，然后根据一定的运算，如a抑制--b激活等价转换为a激活--b抑制，我们可以构建出比较宏观的长序列，当然这是多可能的路径，我们可以通过实验来确定。
第三天：今天和昨天加在一起算是把一个完整的走了一遍，这种经历很不错。毕竟之前看文献总觉得很干净利落，哪里想到这背后各种实验的苦苦挣扎。为了让一句话make-see，大量的工作在等着你，不过这也是我们追求的境界。-实验室的很多试剂都是自己配的，考虑到各种误差，似乎看到了生物实验可重复性低的原因，这有点像中医了，成功和失败一样也是稀里糊涂的。当然我更倾向于认为成功的实验是一种坍缩的波函数，是具体的路径涌现。-
附录一天的思考笔记:-对于生物机体的各种情况，如正常的生理和疾病的病理变化，根据我们引入的博弈论和自然选择模型，我们试图模仿波函数坍缩一样形成具体的路径，即以序列为基本的运算对象，而序列之间的竞争博弈可以形成一定的矩阵，从而表示不同的新的状态，这些矩阵的不同元素与机体的各种健康情况存在着一定的对应。如同能量最低化的收敛性质，也与连续函数的各种存在性的原理相关，布劳威尔不动点原理说明存在着稳定的不动点，与矩阵的不同对象之间构建的联系就是纳什均衡，即序列竞争博弈形成的稳定状态。多层次的均衡形成的序列就是生物的宏观生命周期。-具体一点就是各种抗xx机制，如抗氧化等等。而以网络的观点存在着不同层次的抗，即存在着竞争博弈。而且我们承认相对性，即一般认为的起到特定抗xx但基因蛋白在其他的环境下可以表现为相反的效应。根据以上观点，我们决定使用序列的结构来解释这些生物机制。我们设想存在着一条序列，其每个项对应特定的基因蛋白，而具体的表达水平就是特定的序列关系，于是对应基因蛋白的表达模式就是一种运算对象。-首先得证明这种设想还不至于太离谱，我们认为就我们看过的一些关于细胞生物学的文献可以佐证。通过对特定基因蛋白与宏观的生物过程构建一定的关系，寻找一定的本征关系即表达概率较大的可能蛋白。这是一种路径的涌现，是基于一系列的实验得出的结论。例如ikk抑制---aor-and-rictor也被抑制，可能是ikk与-rictor相互作用，从而与2的表达。发现新的与orc2活性，如通过磷酸化akt-at-t2装配来影响细胞骨架。ikk-抑制---2活性降低是一种序列的关系涌现。我们可以通过具体的基因蛋白的表达水平变化得到这种高维关系。不严格的证闭。-“ikk-抑制---2活性降低”这个过程是不是可以一条序列来表示，然后我再收集其他的关系序列，如“ikk激活—xx蛋白表达水平下降—yy活性降低”，可以构建一定的树形结构，然后根据一定的运算，如a抑制--b激活等价转换为a激活--b抑制，我们可以构建出比较宏观的长序列，当然这是多可能的路径，我们可以通过实验来确定。-于是我们可以认为具体的生物过程是多层次的序列的博弈形成的均衡状态。-我们可以使用培养基来部分说明问题。完全培养基只能使细胞增殖，而添加β甘油，维生素c，地塞米松的培养基可以使得细胞分化，而这些成分可以理解为对序列的影响使得其最终表达的模式变化。当然具体的作用通路是多层次