就这样，杨素和杨俊在中上游成功吸引了陈军的主力，接下去，该轮到杨广出动了。杨广的目标很简单——直取南陈首都建康。他手里有两张王牌，现在是时候打出去了。这张两王牌，就是我们前文提到过的大隋名将——韩擒虎和贺若弼。韩、贺二人作为先锋部队，率先向长江天险发起冲击。由于陈后主陈叔宝还沉浸在长江天险牢不可破的美梦中，所以沿江上下几乎没有设置任何防御。韩擒虎和贺若弼两路大军，趁着元旦佳节陈军醉生梦死之时，迅速突破了长江防线。不远处，建康城似乎已隐隐浮现在雾中了。杨广听闻自己的先锋部队已经顺利渡过长江，令旗一挥，大军紧随其后，准备横渡长江，向建康挺进。韩擒虎进军神速，渡过长江后直取姑熟，只用半天就拿下该地，旋即又把兵锋指向新林，一封又一封城池失陷的战报传到建康城中，陈后主这下终于意识到事态严重了，只可惜，晚了太久太久。隋军已经步步逼近，建康似乎已成囊中之物。陈后主马上召集朝中可用诸将商议对策。就在这样的生死关头，陈朝内部依然无法达成一致，老将任忠和萧摩诃分别献计，任忠一方面请求自己带一万精兵抢在杨广大部队开过来前先渡长江，直扑其主力部队，迫使韩擒虎和贺若弼回兵，至少也可拖慢这两员虎将的进军速度；另一方面大军坚守建康，等待长江上游周罗睺等人的援军，这一计实质上就是围魏救赵。计是好计，但陈后主不采纳，他采用了萧摩诃的建议——与韩擒虎、贺若弼正面开战。任忠苦苦进谏，认为如果贸然与隋军正面抗衡，陈军必败。怎奈陈后主固执己见，令萧摩诃带队出战。
事情果不出任忠所料。萧摩诃一出建康，在蒋山与贺若弼的部队相遇，二话不说，直接开打。贺若弼见萧摩诃来势汹汹，有意避其锋芒，于是且战且走，引萧摩诃一路追来。萧摩诃追着追着，发现自己的部队越来越少，回头一看，原来很多士兵都在地上找战死的隋军士兵的尸体，割他们的首级去邀功，部队一时乱了套，聚拢不齐。贺若弼抓住这个机会趁势杀回，陈军大败，萧摩诃被俘。任忠对陈后主的昏庸非常失望，他出城做最后一战，被贺若弼打败，走投无路之下，任忠投降了韩擒虎，并为隋军做向导。至此，陈后主最后一丝逆转的希望宣告破灭。城外就是韩擒虎和贺若弼的大军，城内已经再无可用之才，只剩一班文官，与他一同在殿内发愁。韩擒虎攻破建康，第一个冲入陈宫，四处寻找后主踪影，在正殿上却找不到陈后主。正疑惑间，韩擒虎忽然听到后宫井中有声响。他近前一看，井下果然有人，但井底很黑，他看不清究竟是什么人藏在井下。于是他抛下绳索，喝令井下的人投降。井底之人抓住绳子，隋军将士开始往上拉，结果拉了半天，绳子纹丝不动，如同下面坠着一块巨石。这位士兵招呼几个同伴一起来拉，终于把绳子拉了上来。随着绳子慢慢接近井口，人群中渐渐发出一阵铜铃般的笑声，原来藏在井底的，正是陈后主、皇后张丽华和孔贵嫔，他们三人紧紧抱做一团，像一个大肉球吊在绳子上，滑稽可人。
就在陈后主被擒获的这段时间里，陈将周罗睺和荀法尚还在长江中上游与秦王杨俊对峙。忽然一纸投降的诏书被送到了周罗睺手中，两人方知建康已失守，秦王杨俊抓住机会，招降了周罗睺和荀法尚。建康陷落后，整个南陈迅速陷入分崩离析的状态，南方三十州守军皆解甲投降，而杨坚也迅速把他在北方创立出的一系列制度推行到了南方。杨坚本以为可以高枕无忧，但令他万万没有想到的是仅仅过了一年，就在开皇十年（公元590年）的年底，一场以高智慧为代表的大规模叛乱再一次席卷了大隋王朝。需要指出的是，高智慧只是在浙江作乱的首领，是众多叛军中的代表，实际上江南许多郡县都有叛乱发生，远不止高智慧一家。这次叛乱的爆发并不奇怪，我们在前面不止一次地提到了永嘉之乱后，汉民族衣冠南渡，琅琊王司马睿是靠依南方大族王敦、王导才建立的东晋，此后南朝经历宋齐梁陈四代，地方上世家大族的势力一直很强，所以南方的世家大族不仅在数量上多于北方，其地位也比北方要高，因为皇帝至少现在还离不开他们。田余庆老师称之为门阀政治，我们在《世说新语》里经常可以看到这些士族豪门活动的事迹。现在南陈一灭，隋朝强有力的政治统治自然和南方世家大族产生了摩擦。比如说杨坚在地方上推行的废郡之度，这对南方的豪门大族造成了很大的冲击。他们是首要的利益受害者。这应当是南方爆发叛乱的最主要的原因。有一些史家还会从文化的角度出发进行考察，认为自从南北朝以来，北方南方已经分裂了几百年的时间，最关键的是在这期间南方北方所经历的主旋律是内部的朝代更迭，彼此之间缺少互动和交流，所以到隋文帝时南北方已经形成了非常明显的文化沟壑。笔者对这个看法持观望态度，至少笔者认为，文化的分歧的确会对政局的稳定有一定影响，但就南北朝时来看尚不能作为主要原因，特别是在经学研究方面。虽然南方许多士族对